ארגון הג’האד האסלאמי בפלסטין הוא השני בחשיבותו בין ארגוני הטרור הפלסטינים הפועלים בתחומי רצועת עזה. הג’האד האסלאמי בפלסטין צמח בסוף שנות השבעים של המאה העשרים ברצועת עזה. מקימיו הם סטודנטים, שלמדו במצרים, אנשי תנועת האחים המוסלמים, בראשותו של ד”ר פתחי שקאקי, רופא מרפיח ושיח’ עבד אלעזיז עודה, מטיף דת ממחנה הפליטים ג’באליא שברצועת עזה. השניים עמדו בראש קבוצת סטודנטים פלסטינים שהושפעו מהצלחתה של המהפכה האיראנית ושאבו את השראתם ממנה.הג’האד האסלאמי בפלסטין אימץ אידיאולוגיה סונית אסלאמית רדיקאלית פונדמנטליסטית החותרת לשחרור מידי של כל פלסטין באמצעות ג’האד (מלחמת קודש), והקמת מדינה פלסטינית מוסלמית. פתחי שקאקי חוסל במלטה ב- 1995 ובמקומו התמנה ד”ר רמדאן שלח, הנמנה אף הוא עם הגרעין המייסד של הארגון.
הג’האד האסלאמי בפלסטין שולל כל הסדר עם ישראל. על פי תפיסת הארגון הג’יהאד הוא חובה שיש לממש באופן מידי ולא לדחות אותה עד לאחר הקמתה של מדינה אסלאמית. לג’האד האסלאמי בפלסטין זרוע צבאית, פלוגות ירושלים, המצוידת באמצעי לחימה רבים ומגוונים ואשר מבצעת ירי רקטות מרצועת עזה ומעודדת ביצוע פיגועים במתווים שונים ביהודה ושומרון. בשנות האינתיפאדה השנייה “התמחה” ארגון הג’האד האסלאמי בפלסטין בביצוע פיגועי התאבדות כולל בשטחה של ישראל.
מכל ארגוני הטרור הפלסטינים הג’יהאד האסלאמי הוא הארגון המקורב ביותר לאיראן ויותר מכל הארגונים הוא זוכה לסיוע ותמיכה נרחבים מצד איראן. בדומה לארגוני טרור נוספים הג’האד האסלאמי בפלסטין הוכרז על ידי ישראל וארה”ב כארגון טרור.